A technikával  fluoreszcens festékkel jelölt oligonukleotid szakaszt juttatunk be a sejtekbe, azok mikroszkópikus morfológiájának megváltoztatása nélkül, a megfestett oligonukleotid szakasz a sejtben található komplementer-szakaszhoz kötődik, és adott hullámhosszon fényt emittál, amelyet speciális megvilágítás és fényszűrő segítségével mikroszkóppal vizsgálhatunk.

A technikát speciális mikróbaközösségek, de szövettenyészetek és szövetek vizsgálatára is használják.