A shotgun módszer egy magáncég által (Celera Genomics) által kifejlesztett módszer, melyet a humán genom szekvenálásához alkottak meg. A shotgun módszer egy meglehetősen kíméletlen módszer. Nem produkál fizikai térképet a DNS-ből, hanem az eredeti DNS szakasz, vagy akár az egész genom klónjait random feldarabolják, ezáltal átfedő szakaszokat kapnak. Ezeket a kisebb átfedő szakaszokat szekvenálva majd az átfedések alapján összeillesztve határozható meg a nukleotidok sorrendje.