Az ökoszisztémákat többféle szempont szerint csoportosíthatjuk. Alapvetően megkülönböztethetünk vízi és szárazföldi ökoszisztémákat. Stabilitásuk és pl. a jellemzően uralkodó növényzet, vagy állatfaj szerint is besorolhatjuk a különböző ökoszisztémákat.