A mikroorganizmusok fontos szerepet töltenek be a környezetben, így a környezet károsodását jelzik elpusztulásukkal, aktivitásuk csökkenésével, abnormális biokémiai folyamatokkal és fiziológiával. Ha ismerjük ezeket a biomarker organizmusokat és káros hatásokra adott válaszukat, akkor indikátorként használhatjuk őket a környezetre káros hatások, például szennyezettség indikálására.

A mikroorganizmusok segítségével könnyen és gyorsan mérhetjük a vegyi anyagok káros hatását és azt eredményből más teszteredményekkel együtt előre jelezhetjük a vegyi anyag környezetre vagy az egész ökoszisztémára, esetleg az emberre gyakorolt hatását. Például az az anyag, ami mutagén hatás gyakorol a mikroorganizmusokra, az az emerre is ugyanígy hathat.