Az ökológiai felmérési módszerek a legfontosabb ökoszisztéma jellemzők, kiválasztott indikátorok alapján osztályozzák és értékelik az egyes ökoszisztémákat.
Ezek az összetett értékelési módszerek az ökoszisztémák minőségét és funkcióit vizsgálják, az ott élő élőlényeket, a tágabb környezetet, az ember általi használatokat.
Egy körülhatárolható vízi ökoszisztéma esetében általában a terepen gyűjtött adatokból indulnak ki, ma már kizárólag GIS támogatással, ami a mérési pontok azonosításán kívül a térképkészítést is lehetővé teszi.
A felmérés általában az indikátorok kiválasztásával kezdődik. Ennek vagy van már alapja (korábban publikált jellemzők, problémák, ismeretek) vagy újonnan kell felmérni az indikátorként alkalmazható talajjellemzőket és fajokat. A következő lépés az indikátorok megfelelő interpretálása, majd az "index" létrehozása.
Ha előzmény nélkül kell az indikátorokat kiválasztani, akkor alaposan meg kell ismerni a területet.
Ha kiválasztottuk a meghatározó jellemzőket, akkor azokat súlyozás után egy kvalitatív (relatív) index létrehozására használjuk.
Általánosan ismert alapmetodikák a “Habitat Evaluation Procedure” (HEP), azaz "Élőhely értékelési módszer" (USFWS 1980) és a “Hydrogeomorphic Approach”, (HGM), azaz a "Hidrogeomorfológiai" megoldás (Smith et al. 1995).
Átfogó áttekintést kaphatunk az ökológiai értékelésekről az USA Geological Survey http://assessmentmethods.nbii.gov/index.jsp?page=home című weblapján.
A publikált ökoszisztéma-értékelési módszerek között találunk talaj, szárazföldi ökoszisztémák, lápi ökoszisztémák, vízi ökoszisztémák értékelésére kidolgozoztt eljárásokat, melyek alapul szolgálhatnak a minket érdeklő ökoszisztéma jellemzését szolgáló specifikus metodika kidolgozásához.
Az ökológiai módszerek bonyolultsága mellett nagy hátrányuk, hogy szennyezett területek kockázatának értékelése és a kockázatcsökkentés tervezése során az index formájában megadott relatív eredményt nem tudjuk integrálni a szennyezett területek mennyiségi kockázatfelmérésén alapuló komplex környezetmenedzsment metodikákba.