A ciklodextrinek környezetvédelmi alkalmazásainak alapja, hogy zárványkomplexet képeznek a talaj tipikus szerves szennyezőanyagaival, így a kőolaj-eredetű szennyezőanyagokkal, PAH-vegyületekkel, PCBkkel, növényvédőszerekkel. A vízben oldódó ciklodextrinek és származékaik vízben oldódó komplexek formájában javítják ezeknek az általában egyébként rosszul oldódó szennyezőanyagoknak az oldékonyságát, csökkentik oktanol/víz megoszlási hányadosukat, ezáltal segítik leoldódásukat a talajról, növelik biológiai hozzáférhetőségüket a lebontást végző mikroorganizmusok számára (mikrobiológiai degradáció) és a növények számára (fitoremediáció). A környezetvédelemben használt ciklodextrineket (pl. HPBCD, RAMEB) természetes eredetű ciklikus szénhidrátok, keményítő enzimes hidrolízisével és kémiai módosításával állítják elő.
Újabb alkalmazásra ad lehetőséget, hogy a ciklodextrint hordozóhoz rögzítve olyan szűrőszerkezetek előállítására nyílik lehetőség, amely megköti a vízekben (felszíni és felszín alatti, továbbá tisztított szennyvízben) a vele komplexálódni képes xenobiotikumokat, újonnan felismert szennyezőanyagokat, pl. gyógyszermaradványokat, növényvédőszereket, lágyítókat és más ipari segédanyagokat. Ez esetben feladat nem a mobilizálás, hanem éppen az immobilizálás.