A géntérképezés során a gének egymástól való távolságát, a genomban való viszonylagos elhelyezkedésüket határozzuk meg anélkül, hogy valóban megszekvenálnánk a DNS-t. Amint készen áll a térkép, képesek vagyunk egy ismert gén vagy marker (ismert DNS szekvencia) alapján megmondani egy másik gén helyét a genomban. Ezt oly módon érik el, hogy az együtt öröklődő tulajdonságok gyakoriságát figyelik és ebből következtetnek a megfelelő gének egymástól való távolságára a kromoszómán. A géntérkép nagy vonalakban ábrázolja a gének elhelyezkedését a kromoszómán.
A fizikai térkép ezzel szemben egy olyan térkép, melynél az egyes határjelzők (gének, markerek) közötti távolságot jelzi, a DNS molekula teljes hosszához viszonyítva. Míg az előbbi módszer viszonylagos, a fizikai térképezés valós távolságokat határoz meg.
http://hu.wikipedia.org/wiki/G%C3%A9nt%C3%A9rk%C3%A9p