Amikor káros mikroorganizmusokról beszélünk, először az emberi szervezet betegségeit okozó baktériumokra, vírusokra, gombákra gondolunk. Azonban a mikroorganizmusoknak nem csak eféle káros hatásuk lehet!
Ételeinkbe kerülve bizonyos fajok az étel romlását okozzák, vagy olyan anyagokat termelnek, melyek veszélyesek az emberi szervezetre; Ezeket az anyagokat toxinoknak nevezzük és ételmérgezést okoznak.
Az élelmiszeriparban szintén gondot okozhat a gyártási technológiában használt mikroorganizmuskultúrák más mikroorganizmusok által történő "befertőződése", hiszen ez rossz irányba viheti el a gyártás biokémiai folyamatait.
A gyógyszeriparban pl. a káros mikroorganizmusok olyan körülményeket hoznak létre, amelyben a szaporítani kívánt gyógyszertermelő mikroorganizmus nem képes növekedni, kudarcaba fullad a gyártás.
Fontos megemlíteni, hogy az adott mikroorganizmus hasznos vagy káros volta minden esetben attól függ, hogy mi a célunk a felhasználás során, milyen terméket szeretnénk előállítani.