A fokhagyma fő hatóanyaga az erőteljes antibiotikus hatású allicin, amely emésztés közben az allináz enzim hatására keletkezik a növényben lévő allinból. Az allicin mellett, számos szulfid vegyület képződik, melyek a fokhagyma jellegzetes szagáért felelősek. Ezenkívül megtalálhatók még kéntartalmú peptid származékok, B- és C-vitamin és flavonoidok. A fokhagyma antibakteriális és antimikotikus (gombaellenes) hatása révén légúti megbetegedések és a Candida albicans okozta fertőzések kezelésében használatos. Továbbá tágítja az ereket is. Rendszeres, kúraszerű alkalmazása csökkenti a vér káros LDL-koleszterin-szintjét, antioxidánsként serkenti az immunrendszert, csökkenti a mellkasi fertőzéseket, véralvadásgátló- és vérnyomáscsökkentő. A népi gyógyászatban meghűléses betegségeket is gyógyítanak vele. A legtöbb esetben ezek a betegségek a nyálkahártyákhoz kötődnek. Asztma, köhögés, szamár-köhögés, hörghurut esetében a nyálkahártya kevésbé ingerlékeny a tejben főtt fokhagyma hatására. A fokhagyma baktérium ölő hatásának köszönhetően tisztítja a szervezetet. A Koch-féle tbc-bacilusokat az 1/1500 hígítású fokhagymakivonat megöli. Enyhíti a menstruációs görcsöket.
Zúzott fokhagyma: főzésnél (serkenti az immunrendszert, csökkenti a koleszterinszintet)
Fokhagymagyöngy kapszula: A fokhagyma-olajat tartalmazó táplálék-kiegészítőt a szervezet fertőzésekkel szembeni ellenállásának erősítésére szedik.
Tabletta: Magas vérnyomás és hörghurut ellen jó.
A gyógykozmetikumokban kétféle indikációt találunk:
Kenőcs: Herpeszre és szemölcsre ajánlott.
Olaj: Izomra, ízületekre alkalmazzák.
A hatóanyagok illékonyak, bomlékonyak. Stabilitásuk ciklodextrines komplexképzéssel javítható. Számos gyógyhatású készítmény, pl. gyógykozmetikumok is tartalmaznak ciklodextrinnel stabilizált fokhagyma kivonatot.