A mikroorganizmusok definíció szerint olyan apró élőlények, melyek csak mikroszkóppal láthatóak. Ebből következik a mikroorganizmus lehet baktérium, élesztőgomba, fonalas gomba, egysejtű vagy fonalas növény (alga), protozoa (állati egysejtűek), vagy korlátozott számú sejtből álló kisebb élőlények.
A mikroorganizmusoknak sokkal meghatározóbb szerepe vana környezetben, a Földi ökoszisztéma működésében, mint amit a közemberek, de még sokszor a szakemberek is tulajdonítanak nekik. Mivel a mikroorganizmusok, léte, szerepe, működése nem közismert, a KÖRINFO tudásbázisban különösen nagy gondot fordítunk ennek megismertetésére.
A talaj és az üledék tipikus élőhelye a mikroorganizmusoknak, a mikroorganizmus-közösségeknek, ahol a holt szerves anyagok és a hulladékok hasznosítása, mineralizációja folyik. A holt szerves anyagokra és hulladékokra specializálódott táplálékláncok mikroorganizmusok sokaságát jelenti, meléyek nem egyszerű lineáris táplálékláncot, hanem dinamikusan változó közösségként sokkal inkább hálózatot alkotnak. Ebben a hálózatban a legkülönfélébb viszonyokban élnek együtt az élőlények és teljesítik feladatukat a biogeokémiai ciklusban, a talaj kialakításában, a holt szerves anyagok hasznosításában és a hulladékok és szennyezőanyagok eltüntetésében. A legfontosabb mikrobiális együttélések és együttműködések a talajban a szimbiózis (együttélés, egymásrautalt viszonyban), antibiózis (egymás gátlása), kompetíció (versengés), parazitizmus (az egyik élőlény kihasználja a másikat, anélkül, hogy viszonozná), predáció (a predátor elfogyasztja a prédát), antagonizmus (egy mást gátló jelenlét), szinergizmus (egymást segítő, erősítő jelenlét), kommenzalizmus (közös táplálkozás, melyben a domináns táplálkozó maradékát fogyasztja a másik, anélkül, hogy rontaná annak esélyeit) amenzalizmus (egymás elől fogyasztják el a táplálékot), protokooperáció (kezdetleges együttműködés), kooperáció (egymást segítő együttműködés), konzorciális együttműködés (több faj egymást segítő együttműködése).
A mikroorganizmusok működését biotechnológiák és környezettechnológiák használják ki, hasznosítva a mikroorganizmusok átalakító tevékenységét, szinte végtelen genetikai és biokémiai potenciálját.
Ugyanakkor a mikroorganizmusok nem csak hasznot hajtanak az emberiségnek, hanem veszélyeztethetik is az embert és a környezetet, betegségeket okozhatnak, károsíthatják az ökoszisztémát, az agrárökoszisztémát és az épített környezetet. Minderre kitér a mikroorganizmusokkal foglalkozó fejezet itt a képtárban.