A baktériumok osztályozása történhet DNS-ük, a DNS-ükben kódolt szerkezeti és funkcionális fehérjék (pl. enzimek) vagy morfológiai jellemzőik alapján. Hagyományos osztályozásuk a szabad szemmel vagy mikroszkóppal látható morfológiai jegyek, illetve növekedésük és anyagcseréjük jellemzői alapján történik. Ennek alapján a baktériumok legismertebb főcsoportjai az alábbiak: fototróf baktériumok, spirohéták, spirál és csavarodott (vibrio) alakú baktériumok, Gram-negatív aerob pálcák és kokkuszok, Gram-negatív fakultatív anaerob pálcák, Gram-negatív kemolitotróf baktériumok, metántermelő baktériumok, Gram-pozitív kokkuszok, endospórát képző pálcák és kokkuszok valamint az aktinomiceták.
Ma már a DNS technikák fejlődésével a baktériumok genetikai jellemzőinek összehasonlításakor talált hasonlóságok ill. eltérések alapján állítják fel a baktériumok rendszerét és igyekeznek azonosítani az evolúciós utakat. Itt a képotárban a hagyományos morfológiai jegyek alapján történő osztályozást vesszük alapul a teljesség igénye nélkül, első sorban a környezeti szempontból fontos nemzetségeket, fajokat tárgyalva.
A baktériumok prokarióta élőlények, melyek között megkülönböztethetünk valódi- és ősbaktériumokat (Eubacteria és Archea). Általában egysejtűek, de a hasonló sejtek sejtosztódás után akár együtt is maradhatnak. Az együtt maradt sejtek közt általában csak látszólagos kapcsolat van, azonban néhány esetben valódi kapcsolat alakul ki az aggregálódott sejtek között. A sejtszaporodás folyamata magában foglalja a sejt növekedésének folyamatát és az osztódás , melynek eredménye a befűződés után két azonos méretű utódsejt (bináris osztódás), de esetenként két eltérő méretű sejt is keletkezhet.
A mikroorganizmusok azonosítására a gének vizsgálatától a géntermékek (enzimek, struktúrfehérjék), anyagcserefolyamatok, fiziológiai- és populáció-jellemzőkön keresztül a mikro- és makromorfológiai jellemzőkig egy sor lehetőség áll rendelkezésünkre. A morfológiai vizsgálatokat mikro- és makromorfológiai vizsgálatok csoportjára oszthatjuk. A makromorfológiai vizsgálatok a mikrobák szilárd és folyékony táptalajokon növekedő tenyészeteinek alaktani tulajdonságait vizsgálják. A telepeknek az adott mikroorganizmusra jellemző morfológiai megjelenése van (alak, szín, szag, a telep szegélyének mintázata, esetleges pigmenttermelés. Folyékony táptalajokban is eltér az egyes mikrobák megjelenési formája. Képezhetnek a felszínen hártyát, üledéket, zavarosodást idézhetnek elő).
A mikromorfológiai jellemzők közé tartozik a sejt nagysága, alakja, más sejtekkel történő aggregálódás formája, a csillók és flagellumok jellenléte, elhelyezkedése, valamint a sejtfal jelenléte , a sejtfal jellemzői, vastagsága, esetleg hiánya. Szintén mikromorfológiai jegy a spóra jelenléte, nagysága, elhelyezkedése a sejtben. A spóra esetenként deformálhatja is a sejtet, mebből további következtetésekre juthatunk a mikroorganizmus azonosításakor.
Vizes közegben jellemzően hosszú flagellumokkal vagy rövidebb csillókkal mozognak, de vannak moszgásképtelen baktériumok is. Általában merev (Gram-pozitív), vagy félmerev (Gram-negatív) sejtfal veszi őket körül, mely a sejt formájának megtartásáért felelős. A sejtek megjelenése igen változatos: lehetnek gömb (kokkusz), pálca (bacillusz), tojásdad (kokkobacillusz), hajlott pálca vagy vessző (vibrio), merev csavart (spirillum) és flexibilis csavart (spirohéta). Az egyes formájú sejtek gyakorta csoportokba rendeződnek. A kokkuszoknál gyakori a diplokokkusz (két sejt), sztreptokokkusz (több sejt láncolata), sztafilokokkusz (több sejt), tetrád (négy sejt), szarcina (nyolc sejt elrendeződése köbösen). A többi sejtalakra a sztreptobacillusz kivételével nem jellemző a kokkuszokhoz hasonló csoportosulás).