A transzmissziós elektronmikroszkóp működési elve abban tér el az optikai (fény)mikroszkópétól, hogy fotonok helyett jól felgyorsított elektronokat használ a leképezéshez. Az optikai lencsék helyett elektromos és mágneses lencséket tartalmaz, amelyek megfelelően eltérítik, illetve fókuszálják az elektronokat. Az elektronmikroszkóp előnye, hogy az eléggé felgyorsított elektronoknak a hullámhossza nagyságrendekkel kisebb, mint a látható fényé, s ez lényegesen jobb felbontást tesz lehetővé.
Működése: elektronokat bocsátanak keresztül egy ultra vékony vizsgálandó anyagrétegen, az elektronok kölcsönhatásba lépnek ezzel az anyagréteggel, míg az elektronnyaláb áthalad rajta. A képet egy fluoreszcens hordozóra vagy fotoaktív filmre fókuszálják. CCD kamerával is detektálhatják.
http://alag3.mfa.kfki.hu/mfa/nyariiskola/06d_HRTEM_JEMS/index.htm