Az előző ábrákon már láttuk, hogy a különböző vírusok milyen módon képesek bejutni a gazdasejtbe. Most nézzük meg, mi történik bejutás után!
Miután a vírus, vagy annak örökítőanyaga bejutott a sejtbe, leállítja a gazdasejt saját anyagcserefolyamatait, és átprogramozza azt, hogy olyan molekulákat készítsen, melyből a vírus építkezik. Ezen belül is első lépésként szintetizálódnak meg a vírus-elemek, majd ezek összerendeződnek sok - az eredeti fertőző vírussal azonos - új vírusokká. Ezt követően a gazdasejt szétesik (szakkifejezéssel: lizál) és az újonnan gyártott vírusok kiszabadulnak, hogy a környező sejteket is megfertőzhessék.
Amikor a vírus bejutás után rögtön átprogramozza a gazdasejtet és az imént leírt módon szaporpdik, lítikus ciklusnak nevezzük. Azonban előfordulhat, hogy a vírus örökítőanyaga anélkül hogy rögtön átprogramozná és tönkretenné (lizálná) a sejtet, beépül annak a saját örökítőanyagába. A gazdasejt osztódásai során magával együtt szaporítja a vírus génállományát is. Ha bármely hatásra a vírus örökítőanyaga kiszakad a gazdasejt genomjából (ez a sejt teljes génállományát jelenti), beindul a fent leírt lítikus ciklus. Azt az állapotot, amíg a vírus lappangva sokszorozódik a sejttel, lizogén ciklusnak nevezzük.
A fenti ábra a lítikus és lizogén ciklusokat, valamint azok egymáshoz való viszonyát ábrázolja.